朱棣篡位在史书中又称靖难之役，朱元璋生前分封诸子，朱棣受封燕王坐镇北平。在建文帝即位后，担心诸王势力坐大着手开始削藩，朱棣在诸王中年纪最大，实力最强。因此一直是建文帝重点削藩对象，建文帝和朱棣双方几番试探之后，朱棣于1399年起兵反叛，拉开靖难之役的序幕。
彼此心照不宣的试探
1398年，明太祖朱元璋逝世，在去世之前他深知自己的继承人建文帝朱允炆年幼仁弱，而各地藩王实力强悍，因此他死前下诏不允许各地藩王入京以防止这些藩王入京串联。
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而身为诸王中最年长也是让建文帝最忌惮的燕王朱棣依然不顾遗诏直奔京师，开始了和建文帝叔侄二人之间的试探。而建文帝得到消息也非常果断，直接下令让朱棣返回北平。
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此后朱棣和建文帝之间相互试探频繁，朱棣先是安排长史入朝汇报工作，结果被建文帝策反。随后朱棣开始装病意图迷惑建文帝，建文帝也加紧将朱棣身边的嫡系调离北平，控制地方官吏和北平附近的驻军。
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建文帝登基后仅仅两个月就开始削藩，他首先选择朱棣的同母兄弟周王朱橚，其目的仍然是削弱可能和燕王朱棣结盟的势力。此后看到削藩顺利，建文帝和他的年轻执政班底脑子一热，一口气又削了齐、湘、代、岷四王，尤其是湘王不堪受辱举家自焚使得朝廷和藩王的矛盾开始迅速激化，装病的燕王俨然被推到了诸王领袖的地位。
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而一直装病的朱棣面对建文帝的步步紧逼又开始了装疯。他的一系列把戏让建文帝君臣半信半疑，脑子一热又把朱棣留在京师应天府的三个儿子全放回了北平。朱棣一看自己三个儿子已经脱身，继续装疯卖傻也救不了自己，因为建文帝已经铁了心要削藩。于是就在公元1399年七月率先发难，以“清君侧、靖国难”的名义起兵反叛。
第一阶段：内线作战
朱棣起兵之初就凭借对北平一带的多年经营，迅速控制了北平附近州县。但是相较于掌握全国的建文帝他仍然是实力单薄。因此靖难之役的第一阶段朱棣不得不采取守势和内线防御和袭扰作战。
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老帅出征：在朱棣反叛的消息传到京师，建文帝立刻调集兵马平叛，由于朱元璋大肆清除开国功臣，建文帝只好让少数幸存的老将耿炳文出山主持平叛工作。结果青出于蓝的朱棣乘耿炳文立足未稳，在耿抵达前线的第二天就偷袭雄县，继而乘势击败耿炳文主力。耿炳文一看燕军气势正盛立刻采取守势，带领大军在真定坚守不出。朱棣围攻数日不克，只好撤回北平。
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草率换将：虽然耿炳文初战失利，但是实力尚存。但是年轻的建文帝一看老将不行，立刻听从自己的智囊团成员建议，由李景隆替换耿炳文为主帅。李景隆能力平平，被朱棣牵着鼻子到处跑，连战连败。不仅将几十万大军打没了，还让朱棣偷袭大宁，获得了宁王麾下的精锐骑兵部队——朵颜三卫。
第一阶段的战事，朱棣频频获胜，李景隆替换耿炳文之后更是溃不成军，朱棣军力迅速扩充，士气极其高昂。随后朱棣开始进行外线作战，准备南下攻占山东一带以获取进攻京师应天府的战略基地。
第二阶段：胶着相持
自1400年四月开始，朱棣带领燕军开始进攻德州，展开外线作战，李景隆节节败退。但是朱棣却遇到了最强劲的对手盛庸和铁铉。双方进入残酷的胶着相持作战。
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携连胜之势的朱棣领兵进攻济南，结果遭到盛庸和铁铉的顽强抵抗。为了对抗朱棣的炮轰，铁铉甚至挂起朱元璋的神牌，让朱棣无可奈何。最终不仅济南没有攻克，反而连刚刚占领的德州也被朝廷收复。
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此后朱棣又在东昌大败，燕军损失惨重，朱棣麾下名将张玉也被斩杀。此后朱棣的燕军多次交战，双方互有胜负，但由于建文帝对朱棣的“禁（杀）伤令”，导致朝廷军队往往对朱棣作战缩手缩脚，朱棣甚至利用建文帝这一脑残的命令经常单骑殿后，让朝廷军队无可奈何。
这种相持和胶着一直持续到1401年冬天，建文帝无法彻底消灭朱棣，朱棣也仅仅控制北平、保定和永平三郡。
第三阶段：长途奔袭
眼看靖难之役已经打了两年多依然进展缓慢，朱棣决定不与盛庸等人继续纠缠，果断绕开山东济南一带的重兵，长途奔袭坐镇京师应天府的建文帝。
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决心拼死一搏的朱棣领兵绕开济南一线，从河北一带南下，仅仅一个月时间就到达徐州，已经兵临淮河一线。为了抵抗朱棣的进攻，建文一方面召在山东一带的盛庸、平安等人回援，另一方面组织护卫京师的部队由顾命大臣梅殷和徐达之子徐辉祖领兵北上淮河一线对抗朱棣。
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双方在淮河一线展开争夺，1402年四月，朱棣在齐眉山大败。燕军将士纷纷要求退回北方，朱棣坚持不退，着手准备再战。而建文帝一方眼看获胜，又开始犯错，竟然以京师需要大将镇守为由，将徐辉祖调回京师。一进一退之间，双方形势逆转，朱棣再次利用袭扰和偷袭的方式切断朝廷军队的粮道，并在灵璧苦战获胜，经此一役，建文朝廷在长江以北已无机动作战部队，朱棣取得了战场绝对优势。
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自灵璧之战后，朱棣一路很难再遇到强有力的抵抗，盛庸等人虽节节抵抗，但是投降朱棣的南方官员和将领越来越多。燕军一路势如破竹，1402年六月渡过长江并到达应天府城郊。惊慌失措的建文帝让城中诸王和武将守卫各门，等待各地勤王之师。结果守卫金川门的李景隆打开城门迎朱棣的燕军入城，至此靖难之役结束。
城破之后，宫中起火，建文帝下落不明。朱棣迅速接管中央政权，一方面大肆诛戮建文朝廷不愿归附的大臣，一方面大肆封赏有功之臣。进入南京数日之后，朱棣登基称帝。同时他还为彰显自己的合法性，将建文帝的年号取消，让洪武年号从又多了四年。
朱棣王号为燕王，这个燕字就是燕京的意思。朱棣是兄弟中武力最高的一位，因此被封到燕京。同时这个分封还有另一层意思，就是提醒朱棣，要守护边疆，不要和自己的侄子抢皇位。朱元璋本意是让朱棣镇守边关，阻止蒙古铁骑的入侵，没想到朱棣在保家卫国的同时，暗中积蓄实力训练军队，期待有朝一日能够谋事。
大臣黄子澄，方孝孺等人建议削藩，这正好给了朱棣起兵的理由。他对外号称朝廷出了奸臣黄子澄，方孝孺，蒙蔽皇上，他要“清君侧”。于是便起兵南下，史称“靖难之役”。朝廷的军队虽然是燕王的三倍，但是他们长久不打仗，疏于防范，而燕王的军队每天过着刀口舔血的日子，自然势如破竹。没过几年，朱棣的军队就将朝廷守军杀得节节败退，直至攻破南京城。没过多久，朱棣宣布建文帝死亡，自己登基，坐了皇帝，是为明成祖。
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