复旦大学的前身为

复旦公学时期

复旦公学的创立，与震旦学院有不少渊源，取名“复旦”，既有恢复震旦之意，又有自强不息之意。

1903年马相伯先生创建了震旦学院；1905年震旦学院因外籍传教士南从周篡夺校政发生学潮，130名学生愤然离校，拥戴马相伯另立新校；退学学生公推于右任、叶仲裕等7人为干事，商议新校创建办法。1905年，马相伯、叶仲裕等邀请热心教育事业的严复、张謇、熊希龄等28人为校董，筹集复旦建校资金。两江总督周馥拨银1万两，并借吴淞提督衙门为临时校舍。

1905年6月29日（农历五月廿七），原震旦学院教师于《时报》登载《震旦学院退学师生公白》，是为“复旦”校名之始。是年中秋节翌日（公历9月14日），民办官助的复旦公学正式开学，依照清政府高等学堂章程，将近二百学生编为八班，前四班为高等科（大学预科），后四班为预班（中学部）。

1911年12月，吴淞校舍被光复军占用，复旦一度迁校无锡惠山，月余返沪。

1912年5月，暂借爱而近路(今安庆路)开学。9月，迁入李公祠。此后，马相伯去北京任要职，不能亲理校务。学校实际负责人为教务长胡敦复、庶务长叶藻庭。12月，学校发生风潮。为整顿校务，孙中山、王宠惠、陈英士、程德全、唐绍仪、于右任等组成校董会，重订章程，筹措经费，并推王宠惠任董事长，李登辉任校长。

1913年3月1日，复旦重新开学。不久，“二次革命”爆发，校董多逃亡海外，学校经费来源断绝。李登辉采取提高学费、扩大招生人数的办法，在校生由九十余人增至三百余人，学费自一百二十元增至一百六十元，藉以挹注，使复旦度过难关。同时，聘请硕学之士担任讲习，增加学科，扩充体制，校务始克发展。

从1912年至1916年，复旦公学共培养大学预科毕业生15人，中学毕业生150人。

1915年，学校在江湾购地，以建校舍、恢弘规模。从此，建设复旦、办与欧美并驾齐驱的大学成为李登辉毕生的事业。复旦的发展和他关系极大，如果说马相伯是复旦的缔造者，那么李登辉则是复旦重要的振兴者。

私立复旦大学、国立复旦大学时期

1917年，复旦公学改制为为私立复旦大学，创办大学本科。李登辉为复旦大学首任校长。私立复旦大学下设文、理、商三科，并保留了复旦公学原有的大学预科和中学部。

1919年，五四运动爆发。运动中，复旦学生成为上海学生运动的先锋之一。李登辉特准其他学校的一大批因参与爱国运动而被当局开除的学生转入复旦。孙中山也关注复旦学生运动，及时给予指导。五四运动，使复旦声誉鹊起，章益、吴南轩、江一平等人也崭露头角，日后成为校长。

1922年，江湾校园（今邯郸校区）建筑次第完工，寒假后，大学部由徐家汇李公祠（今上海市复旦中学）迁入，当时的校园范围大致在现今的相辉堂一带，此后渐次扩充。

1937年，抗日战争爆发后，上海“八一三”事变后，复旦大学被迫内迁，与同为私立大学的大夏大学合并成为中国历史上第一所联合大学，联大一设庐山，称复旦大夏第一联合大学，一设贵阳，称第二联合大学。庐山联大以原复旦师生为主，贵阳联大则以原大夏师生为主。

不久，日军进犯江西，复旦再迁重庆北碚，并于1941年改为国立。在渝期间，共毕业了近3000名学生。

1946年，学校迁回上海江湾原址。至1949年，学校设立文、理、法、商、农五院20 多个系（科），初具综合性大学的雏形。

国立上海医学院时期

中国早期的医学院校大多为外国教会所办，当时时局混乱，若干医学院校停办，学生辍学。具有民族自尊感的颜福庆、乐文照、高镜朗、赵运文等医学界人士，决心创办一所由中国人自办自教、为中国人服务的医学院。1927年，他们在上海组建了国立第四中山大学医学院。医学院后随学校主体改名而改为国立江苏大学医学院、国立中央大学医学院。

1928年7月，接办中华民国红十字会的中国红十字会总医院（今复旦大学附属华山医院）为实习医院。

1932年，学校从中央大学独立，改名为国立上海医学院。

1933年1月，叶子衡先生捐赠江湾叶家花园，用于开设肺病疗养院。另募款建造病房，同年6月揭幕。为纪念其父叶澄衷，定名澄衷肺病疗养院（今上海市肺科医院）。

1936年9月，枫林新校舍落成。同年12月中山医院落成，附设护士学校一所。

抗战爆发后，上医先后迁至云南昆明白龙潭、重庆歌乐山。1944年，接办重庆中央医院（今西南医院）为附属医院。

1946年5月至8月，师生分三批迁回上海。

新中国初期

1949年秋，奉教育部指示，上海私立暨南大学新闻系并入复旦大学新闻系；1950年9月，复旦大学生物系海洋组并入山东大学；1951年，复旦大学土木工程系并入交通大学，教育系并入新成立的华东师范大学。

1952年，复旦大学列名第一批进行院系调整的高等院校。1952年8月至9月底，浙江大学、交通大学、同济大学、大同大学、沪江大学、震旦大学、圣约翰大学、南京大学、金陵大学、安徽大学、上海学院等校的有关系科陆续与复旦大学合并，而复旦大学财经学院会计、统计、企业管理、银行、贸易、合作六个系及统计、贸易、银行三个专修科调出，支援成立上海财经学院；农学院农艺、园艺、农化三系调至东北沈阳，新建沈阳农学院；茶叶专修科调至安徽大学农学院；法学院法律、政治两系调出，支援成立华东政法学院；外文系德文组调出，并入南京大学。复旦是当时全国院系调整中组合高校最多的大学，此后，由十余所高等学校有关系科合并组成的新复旦，汇聚了江、浙、皖、沪地区最著名的一批专家学者，成为一所文理科综合性大学，从此跻身全国一流名校之列。同年，国立上海医学院更名为上海第一医学院，院系调整中浙江大学理学院药学系并入学校药学院。西门妇孺医院（今复旦大学附属妇产科医院、复旦大学附属儿科医院）、上海镭锭治疗院（今复旦大学附属肿瘤医院）分别于1952年、1953年划归上海第一医学院。1952年又在犹太医院旧址上新建眼耳鼻喉科医院（今复旦大学附属眼耳鼻喉科医院）。

1956年，全国院校教授等级评比，上海第一医学院有16人获评一级教授，数量居全国内地高等院校第二名（仅次于北京大学27名），其中5位为上医毕业生。同年，上海第一医学院集中力量，倾半校之力，在重庆建立了重庆医学院。

1959年，复旦大学和上海第一医学院成为首批全国重点大学。

文革时期

复旦大学在文革时期陷入一片混乱，发展几近停顿。文革中，复旦受审查和批斗的教职工占80%左右，受迫害致死的有41人。直到十一届三中全会后，受迫害者才得到平反。

1966年，“八·六斗鬼风”席卷复旦。8月5～8日，复旦大学56名教授和干部头戴高帽，脸涂墨汁被揪斗。

1966年8月11日，受北京红卫兵运动的影响，复旦大学外语系学生成立“红卫兵战斗组”（这是上海第一个以“红卫兵”命名的组织）。8月19日，上海百万群众在人民广场举行“庆祝无产阶级文化大革命群众大会”。会上，复旦“红卫兵战斗小组”报告了代表在北京见到毛主席的情景。

1967年一月张春桥利用造反派发动“一月风暴”向上海市市委夺权，成立上海市革命委员会，夺权运动之后席卷全国。但从1967年1月23日起，复旦的造反派组织发动第一次炮打张春桥事件。中央文革对此发出“一·二九中央文革特急电报”，第一次炮打张春桥事件失败。张春桥顺势发动反对“炮打中央文革的反革命逆流”运动。1968年4月12日开始，复旦再次发生第二次炮打张春桥事件。1970年张利用一打三反运动进行反扑。

1967年11月“军宣队”进入学校；次8月26日“工宣队”进入学校。自1970年起，全校共招收六届“工农兵学员”6576人。

1978年，苏步青就任校长、夏征农就任第一书记后，进行了一系列拨乱反正工作，同时倡导民主办校，推动思想解放运动。4月28日，复旦召开平反大会，党委常委、组织部长李庆元宣布平反决定，学校秩序逐渐恢复正常。

改革开放至今

1984年，复旦大学和上海第一医学院成为全国首批设立研究生院的高校。

20世纪80年代以后，复旦大学逐步发展成为一所包含人文科学、社会科学、自然科学、技术科学以及管理科学在内的多科性研究型综合大学。

1985年，上海第一医学院更名为上海医科大学。

2000年，复旦大学与上海医科大学合并，成立新的复旦大学，综合实力进一步增强，优势学科从“文理并进”发展成为文理医“三足鼎立”的新格局。上海医科大学与老复旦大学的合并，拓宽了复旦的学科结构，为综合性大学的发展目标奠定了基础。但在合校初期，上海医科大学各医学院系和附属医院被调整为由校方统一管理，这一管理体制后来被证明不符合医学教育、临床和科研的实际，影响了上医的发展。

2005年，复旦大学建校100周年，张江校区、江湾新校区先后建成投入使用。同年复旦学院作为本科一年级新生学院成立，作为学校实施通识教育的教学、研究和管理机构。

2012年，新的复旦学院成立，复旦学院升格为复旦大学的本科生院。同年，新的上海医学院成立，作为学校党政的派出机关，代表学校统一管理各医学院系和附属医院。