蛋白质的分离和纯化是一项复杂的任务，每一种蛋白的纯化过程都不完全相同，因此在蛋白提取和制备过程中使用适当的蛋白质纯化方法，才能获得稳定的蛋白质。在整个过程中，蛋白质的稳定取决于所使用的多组分缓冲体系，最佳条件就是既可以溶解蛋白质，又可以保持生物活性。由于大部分的蛋白质纯化均在体外进行，所以目前市面上重组蛋白对应的缓冲系统都可能地模拟天然蛋白质在体内的条件以期达到蛋白稳定保存和运输的目的。
缓冲液的主要作用是为目标蛋白质提供最适的环境。在选择和配制缓冲液的过程中，必须考虑以下几个因素：
1.缓冲液成分：
缓冲液本身的缓冲成分不应与蛋白质发生相互作用。例如，一些酶被磷酸盐缓冲液的磷酸盐基团抑制，会导致蛋白的功能缺失。也说明每种蛋白质适合的缓冲液不完全相同，因此用户溶解蛋白时应尽量选择说明书推荐的缓冲液以最大程度保证蛋白的稳定性和相应对活性。典型的缓冲液浓度范围为20至100mM，并且可能需要向离子强度敏感的蛋白质或镁等金属离子等添加其他成分（盐溶液为150mM），这对于某些酶是有活性的而言是必需的。
2.酸碱度：
pH取决于蛋白质的实际应用。如果使用蛋白质进行某种类型的生物测定，例如酶测定，应选择酶显示最佳活性的pH。当制备用于纯化技术的蛋白质（离子交换，凝胶过滤等）时， pH应根据实验条件来选择，以获得最大的纯化效率。当不需要特定的pH时，蛋白质表现出最佳稳定性的pH就是最好的，这一点对于蛋白质的储存尤其如此。
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